明朝万历年间，贵妃童娘娘为了让自己的儿子成为太子，与东厂公公曹花若合谋杀害直谏的御史，导致京城内外发生了一系列血腥事件。其中，马行空作为曹花若的义子之一，成为了贵妃和曹花若的杀手。马行空的父亲是一位朝廷高官，但在一场政治风波中不幸丧生。年幼的马行空被曹花若收养，并在他的指导下学习武艺和读书，成为了曹花若手中的利器。马行空执行了贵妃和曹花若共同制定的一份名单，成功地杀害了多位清官御史。然而，马行空开始对自己的邪恶行为感到后悔和反思。在他陷入孤立困苦时，他结识了一位纯真哑女琴师灵儿。与灵儿在一起时，马行空感受到了真正的善良，这使他萌生了退隐之意。然而，当马行空刚刚决定退隐时，他的义父曹花若要求他继续执行杀人任务，并派遣义子仇虎和冷战暗杀他。然而，仇虎和冷战的计划失败了，马行空与曹花若彻底决裂。为了保护灵儿的安全，马行空带着她逃离了京城，并将她托付给江湖朋友柳冰玉，同时隐藏了贵妃和曹花若制定的杀人名单。曹花若决定清算门户，命令仇虎和冷战追杀马行空。他们追至一家客栈，但柳冰玉成功地保护了灵儿，并将仇虎和冷战引向了马行空藏身的小屋。马行空在小屋外为他们准备了陷阱，但在躲避毒镖时被击中。就在马行空陷入危险时，一位蒙面大侠出现在黑夜中，挡住了仇虎和冷战，使得马行空受伤逃脱。马行空被认为已经坠崖身亡，而仇虎和冷战回京向曹花若复命。然而，马行空侥幸生还，并被少林寺的慧善大师医治。马行空的生还给少林寺带来了麻烦，东厂公公曹花若亲自出马，带着灵儿作为人质，向少林寺发起进攻。马行空与曹花若成为了势不两立的敌人，而刑部总捕头张无忌也加入了战斗。最终，曹花若在马行空的剑下死去，马行空了结了家仇国恨，并投身空门修行向善。
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