世界在经历了被称为“第二次打击”的大灾害后，开始了艰难的重建。在这个废墟之上，一个名叫碇真嗣的14岁少年被他的父亲碇元渡叫到了第3新东京市。本以为能够见到父亲的真嗣却意外地目睹到了一场名为“使徒”的巨大生物与军队的激烈战斗。在危急关头，特工机构NERV的成员葛成美里将真嗣救了出来，并护送他到了碇元渡所领导的NERV总部。然而，真嗣却被父亲冷淡地命令驾驶一种名为“EVA”的巨型机器人与使徒战斗。虽然一开始真嗣对此持有抗拒的态度，但当他看到受伤的替补驾驶员绫波丽后，他决定屈服于父亲的命令。于是，一个从未接受过战斗训练的真嗣开始准备驾驶EVA初号机迎战使徒。面对不断袭来的使徒，真嗣还要面对身份不明的绫波丽以及来自德国的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾。这个年仅14岁的少年将不得不面对远远超出自己能力范围的挑战。而碇元渡则在背后默默地监视着一切，他有着一个名为“人类补完计划”的神秘计划，正准备根据自己的计划实施行动。
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